Він один із провідників кримськотатарського національного руху, правозахисник, учасник дисидентського руху, політв’язень.
Радянська влада виключила Джемілєва з ВНЗ у Ташкенті за його політичні погляди і сім разів судила. Загалом він провів у місцях позбавлення волі в Якутії 15 років.
Джемілєв неодноразово голодував на знак протесту проти грубого порушення прав людини у СРСР. Так, зокрема, наприкінці 60-х Мустафа провів 30-денне політичне голодування у Ташкентському слідчому ізоляторі.